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DNA extraction
1샘플 종류
- Blood : 전혈 기준 100㎕, cell 5x10^6개 이하
- Tissue : > 20mg 이상
- FFPE : 5 - 50um sections
2실험 방법
- Manual: QIAamp DNA extraction kit (Blood, tissue, FFPE)
- 자동화 기기: QIAgen (QIAcube : 12 samples / QIAcube HT : 96 samples)
3수가 코드
- DNA extraction(blood): 100659
- DNA extraction(Tissue): 100682
- DNA extraction(FFPE): 100836
- DNA extraction(HT): 100987
- DNA extraction(QIAcube): 101000
- DNA extraction(Customized kit): 101007
RNA extraction
2실험 방법
- Manual: RNeasy Plus Universal Kit
PCR amplification
1샘플 종류
- DNA 시료: 50ng/ul (volume은 master mixture 조건에 따라 상이)
2실험 방법
- 의뢰자 준비: Primer(F/R) / PCR condition 정보준비
- Master mix: 바이오니아 (Accupower HotStart PCR premix)
- 사용 장비: SimpliAmp (ABI) / Mastercycler 50s
3수가 코드
- PCR amplification : 100484
Electrophoresis Analysis
3수가 코드
- Electrophoresis analysis : 100756
DNA Q.C
1샘플 종류
- Sample volume: 5ul
- 정량 range (analytical specification): 5 - 500pg/uL (개별 peak 기준)
2실험 방법
- 사용 kit: Agilent High Sensitivity DNA Kit
- 사용 장비: Agilent Bioanlyzer 2100
3수가 코드
- DNA validation(Bioanalyzer) : 100109
- DNA validation(Tapestation) : 100988
- DNA validation high sensitivity (bioanalyzer) : 101001
RNA Q.C
1샘플 종류
- Sample volume: 5ul
- 정량 range (analytical specification): 25 - 500ng/uL (개별 peak 기준)
2실험 방법
- 사용 kit: Agilent RNA nano Kit
- 사용 장비: Agilent Bioanlyzer 2100
3수가 코드
- RNA validation (Bioanalyzer) : 100110
- RNA validation (Tapestation) : 100755
- RNA validation (small RNA) : 100803
Real-time PCR
1샘플 종류
- Sample volume: 20 uL (RIN 7.0 이상의 RNA로 합성한 cDNA (target gene
개수x2ul, efficiency test 시 control 20ul 추가)
- 정량 range (analytical specification): 50 - 100ng/uL
2실험 방법
- Primer: 의뢰자 준비
- Master mix: Taqman, SYBR
- 사용 장비: VIIA 7
3수가 코드
- RT-PCR Efficiency test : 100115
- TaqMan(user probe & primer) 25ul: 100118
- gDNA validation (qPCR) : 100837
- RT-qPCR: 101003
